El Convento y Santuario de San Damián, en el que viven los Frailes Menores desde el siglo XIII, es uno de los Santuarios Franciscanos de Asís —junto con la Porciúncula, el Eremo delle Carceri y la Chiesa Nuova— custodiado por los Frailes Menores de la Seráfica Provincia de San Francisco de Asís.
Las noticias sobre sus orígenes no son muy precisas. Hay quienes remontan la primera construcción a los años finales del siglo IX o a los primeros del X. Se afirma que en el siglo X ya existían el ábside, el presbiterio y el tramo de la enfermería actual. Entre fines del siglo XI y a lo largo del siglo XII fue completada la iglesita con las dependencias del lado derecho (capilla, sacristía, sepulcro y coro), y a fines del mismo siglo XII fueron terminadas las dependencias de la planta superior. El Convento es actualmente una casa de formación para novicios, es decir, para jóvenes que, deseosos de seguir a Jesús en el camino de Francisco de Asís, viven el "año de prueba" de oración, penitencia y fraternidad de cara a la primera profesión de votos religiosos. La fraternidad, actualmente formada por 16 frailes, está comprometida, así como en diversos servicios a la Provincia religiosa y a la Iglesia local, en la formación de los novicios, en el cuidado del Santuario y en los servicios de acogida y acompañamiento de miles de personas, peregrinos que pasan cada año por este lugar sagrado.
No es seguro que haya sido inicialmente una posesión benedictina. Lo que sí es cierto es que a comienzos del siglo XIII pertenecía a la diócesis de Asís y estaba bajo la administración del obispo. Durante esta época la iglesita debió estar en mal estado de conservación, pero, de todas maneras, siendo apta para el culto, como se deduce de la presencia permanente o al menos frecuente de un sacerdote capellán. En esta época ya existía el fresco del ábside que representa a la Virgen con el Niño, al médico San Damián y al patrón de Asís, San Rufino, pintado probablemente en la primera mitad del siglo XI. También se encontraba en ella desde mediados del siglo XII el crucifijo románico-bizantino pintado sobre madera, que permaneció allí hasta el año 1260, cuando fue trasladado a la basílica de Santa Clara.
La historia reciente de este lugar es bastante conflictiva. Siguiendo las leyes subversivas de 1860, este lugar fue confiscado primero por el Gobierno italiano y luego, por el Ayuntamiento de Asís, vendido en 1879 a Lord G.F.S Robinson, Marqués de Ripon; luego pasó a la familia Kerr. El último propietario, Lord Peter Kerr, marqués de Lothian, lo devolvió a la Orden de los Frailes Menores mediante escritura notarial de 22.09.1983. Lord Lothian, deseando que San Damián siga siendo un lugar de oración, silencio y paz, ha incluido algunas condiciones u obligaciones en la escritura notarial de donación. Estos incluyen horarios limitados para hacer turismo. El texto de la condición u obligación está formulado de la siguiente manera: «Las visitas turísticas deben estar prohibidas antes de las 10 de la mañana y después de las 6 pm". En invierno después de las 5 de la tarde.
Siempre ha tenido el título de San Damián a lo largo de los siglos, mártir y médico de Siria, cuyo culto, junto con el de su hermano Cosme, se extendió a Occidente desde el siglo V.
La iglesia primitiva, cuatro o cinco siglos antes de Francisco, está marcada por la restauración medieval que él llevó a cabo: de un recinto funerario romano y de una capilla románica rural (siglo IX-X) con un hospicio Romeo y domus/casa presbiteral (siglo X-XII) a un monasterio para santa Clara con iglesia del monasterio y domus/casa de los frailes (1211-1257).
La iglesia es el corazón del Santuario, la iglesia de la conversión de Francisco. Construido en varias épocas, la parte más antigua es la de abajo con un ábside descentralizado y un coro del siglo XVI adosado bajo la bóveda baja. La atención de la fe se dirige al pequeño templo de madera del tabernáculo sobre una columna antigua: “allí está el Señor”.
Cuando Francisco frecuentaba esta iglesita para orar durante el proceso inicial de su conversión en el año 1206, el crucifijo le ordenó reedificar su Iglesia y él lo entendió inicialmente en sentido material. No sabemos en qué consistió realmente la reconstrucción que le hizo. Probablemente se trató de reparaciones menores.
Francesco así rezaba allí de rodillas: ”Te adoramos, santísimo Señor Jesucristo, aquí y en todas las iglesias que hay del mundo, y te bendecimos, porque por tu santa cruz redimiste al mundo”, oración que han seguido rezando sus hijos hasta nuestros días.
A partir del año 1212 el obispo Guido cedió a Clara y a sus primeras compañeras la iglesita y las edificaciones adyacentes, para que pudieran llevar independientemente la forma de vida evangélica que el Señor les inspiraba, a la manera de Francisco. Después de los muchos acontecimientos que tuvieron lugar en este escenario durante la admirable vida de Clara y de sus primeras compañeras, el conventito y la capilla volvieron a la administración directa del Capítulo de la Catedral.
No se sabe exactamente cuándo comenzaron los hermanos menores a habitar este convento, pero se presume que para el año 1270 ya estaban aquí.
A lo largo del siglo XVI se hicieron algunas modificaciones del edificio a partir del complejo inicial, entre las cuales se cuentan la ampliación del convento y la construcción del claustro y del pórtico de la entrada. Afortunadamente estas ampliaciones han sido hechas en manera tal que no se borraran las huellas del antiguo convento ni se perdiera el ambiente de primitiva simplicidad.
La estructura del claustro, que ya existía en la época de Clara, se definió entre los siglos XV y XVIII. A la derecha, los dos edificios pre-franciscanos se encuentran en la esquina que, en el cruce de abajo, se suavizan con los dos frescos de Eusebio Perugino (1507): la Anunciación y San Francisco recibiendo los estigmas. En frente se encuentra la compacta construcción románica del Hospicio Romeo para peregrinos (siglo X). La planta baja se utilizó posteriormente como refectorio de santa Clara. Arriba, el dormitorio de las hermanas enfermas. Fue en esta zona donde, en septiembre de 1240, los mercenarios sarracenos presionaron amenazadoramente desde el "claustro de las vírgenes". Y fue cerca de la puerta del Refectorio, a la izquierda, que Clara, enferma, sostenida por dos hermanas, se acercó a ellos, precedida por el Santísimo Cuerpo de Cristo, llevado en la caja de marfil y plata.
Y fue también aquí donde, tres meses después de su muerte, se llevó a cabo el Proceso de canonización de la Santa.
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